Karttakeskuksen vesille suunnatusta valikoimasta löytyy Liikenne- ja viestintäviraston merikartta-aineistosta tuotetut veneilykartat, Loisto Mariner -navigointiohjelma Android- ja iOS-laitteille, suurin osa Liikenne- ja viestintäviraston julkaisemista virallisista meri- ja sisävesikartoista sekä joukko Viron ja Ruotsin merikarttoja. Lisäksi tarjolla on muun muassa satamaoppaita.

Karttakeskuksen veneilykartat ovat jatkojalosteita merikartta-aineistosta. Ne ovat sisällöllisesti Liikenne- ja viestintäviraston merikarttoja vastaavia, mutta valinnanvaraa on laajennettu uusilla vedenkestävillä ja repeämättömillä materiaaleilla. Saatavilla on lisäksi väylä- ja veneilyseinäkarttoja, joita voi käyttää myös merihenkiseen sisustamiseen.